杏林大學設有四個學部，分別為醫(yī)學部（醫(yī)學科）、保健學部（臨床檢查技術學科、健康福祉學科、看護學科、臨床工學科、緊急救護學科、理學療法學科）、綜合政策學部（綜合政策學科、企業(yè)經營學科）、外國語學部。大學院設有醫(yī)學研究科（生理學系專攻、病理系專攻、社會醫(yī)學系專攻、內科系專攻、外科系專攻）、保健學研究科（保健學專攻、看護學專攻）、國際協(xié)力研究科（國際開發(fā)專攻、國際文化交流專攻、國際醫(yī)療協(xié)力專攻、開發(fā)問題專攻），以及日本語研修課程。校長致辭（摘選）：21世紀，是必須以全球規(guī)模的眼光來考慮一切事物的時代。杏林大學正是立足于這個視點，不僅教授學生們學習各專業(yè)分野的知識，而且還要培養(yǎng)出可以以發(fā)展性的廣闊視野來思考，并且自律的人材。